WorksheetsQuiz Isolasi DNA dan RNA
Total questions: 27
Worksheet time: 16mins
Apa fungsi reagen lisis dalam proses isolasi DNA?
Mengendapkan DNA
Menghancurkan membran sel
Menstabilkan DNA
Menghilangkan protein
Mengaktifkan enzim RNAse
Pada proses isolasi RNA, mengapa digunakan RNAse inhibitor?
Untuk mempercepat reaksi enzimatik
Untuk mencegah degradasi RNA
Untuk menghilangkan protein dari larutan
Untuk memisahkan RNA dari DNA
Untuk mempermudah presipitasi RNA
Apa komponen utama dalam reaksi PCR yang berfungsi sebagai cetakan DNA?
Primer
dNTP
Template DNA
Enzim Taq polimerase
Buffer
Apa fungsi dari fenol-kloroform dalam isolasi DNA?
Menghancurkan membran lipid
Menstabilkan DNA
Menghilangkan protein dan kotoran
Menstimulasi enzim DNA polimerase
Mengendapkan DNA
Apa peran primer dalam reaksi PCR?
Sebagai substrat untuk DNA polimerase
Sebagai penanda fluoresensi
Sebagai urutan pengikat spesifik untuk inisiasi sintesis DNA
Sebagai sumber energi untuk reaksi PCR
Sebagai stabilisator DNA
Manakah yang termasuk dalam siklus utama PCR?
Denaturasi, Annealing, Elongasi
Denaturasi, Hidrolisis, Transkripsi
Annealing, Fosforilasi, Polimerisasi
Inisiasi, Transkripsi, Terminasi
Transkripsi, Translasi, Replikasi
Mengapa proses isolasi RNA memerlukan perlakuan khusus dibandingkan isolasi DNA?
RNA lebih kecil dari DNA
RNA lebih sensitif terhadap kontaminasi RNAse
RNA memiliki struktur heliks ganda yang kompleks
RNA sulit dipisahkan dari protein
RNA lebih stabil dalam larutan berair
Apa keunggulan PCR real-time (qPCR) dibandingkan PCR konvensional?
Menggunakan lebih sedikit enzim
Mengurangi waktu amplifikasi
Memungkinkan deteksi kuantitatif produk DNA selama amplifikasi berlangsung
Tidak memerlukan primer spesifik
Menghasilkan fragmen DNA yang lebih panjang
Apa perbedaan utama antara RT-PCR dan PCR biasa?
RT-PCR menggunakan RNA sebagai template awal
RT-PCR membutuhkan suhu annealing lebih tinggi
RT-PCR tidak memerlukan primer
RT-PCR menghasilkan protein, bukan DNA
RT-PCR hanya bekerja pada DNA plasmid
RT-PCR membutuhkan suhu annealing lebih tinggi
Benar
Salah
Dalam isolasi DNA genomik, mengapa digunakan larutan EDTA?
Untuk menghilangkan protein dari larutan
Untuk menghancurkan membran lipid
Untuk menginhibisi aktivitas DNAse
Untuk mempercepat reaksi enzimatik
Untuk memisahkan DNA dari RNA
Mengapa penambahan larutan alkohol (misalnya etanol atau isopropanol) digunakan dalam proses presipitasi DNA?
Untuk memecah protein pengotor
Untuk meningkatkan kelarutan DNA dalam air
Untuk mengurangi kelarutan DNA dalam larutan sehingga terpresipitasi
Untuk menghilangkan lipid dan polisakarida
Untuk mengikat ion logam divalen
Apa yang menyebabkan amplifikasi non-spesifik pada reaksi PCR?
Konsentrasi primer terlalu rendah
Suhu annealing terlalu tinggi
Suhu annealing terlalu rendah
Konsentrasi enzim Taq terlalu rendah
Template DNA terlalu murni
Mengapa reverse transcriptase diperlukan pada RT-PCR?
Untuk memperbanyak RNA secara langsung
Untuk mengubah RNA menjadi DNA komplementer (cDNA)
Untuk mencegah degradasi RNA selama amplifikasi
Untuk meningkatkan efisiensi amplifikasi DNA
Untuk mendegradasi kontaminan RNAse
Seorang peneliti melakukan isolasi DNA menggunakan protokol standar, tetapi tidak mendapatkan DNA yang signifikan pada akhir proses. Hasil elektroforesis menunjukkan tidak adanya pita DNA. Apa kemungkinan penyebabnya?
Tidak cukup RNAse digunakan
Suhu pemanasan terlalu tinggi selama pelarutan DNA
Tidak ada ion divalen dalam larutan buffer
Kontaminasi fenol dihilangkan terlalu cepat
Tidak ada fase organik yang digunakan
Dalam reaksi PCR, pita amplifikasi DNA target tidak terdeteksi, tetapi muncul banyak pita non-spesifik. Apa langkah yang dapat dilakukan untuk mengatasi masalah ini?
Menurunkan suhu annealing
Meningkatkan konsentrasi primer
Menggunakan primer dengan Tm lebih tinggi
Mengurangi siklus PCR
Menambahkan lebih banyak template DNA
Anda mencoba mengisolasi RNA total dari jaringan hewan, tetapi hasilnya menunjukkan RNA terdegradasi saat diuji pada elektroforesis. Apa penyebab paling mungkin?
Penggunaan buffer yang tidak steril
Konsentrasi fenol terlalu tinggi
Penambahan alkohol yang tidak cukup
Penggunaan primer yang salah
Template RNA terlalu pekat
Dalam reaksi qPCR, hasil menunjukkan nilai Ct (cycle threshold) yang sangat tinggi, hampir tidak terdeteksi. Apa penyebab paling mungkin?
Template DNA terlalu pekat
Primer mengalami dimerisasi
Suhu denaturasi terlalu tinggi
Konsentrasi template DNA sangat rendah
Penggunaan dNTP yang berlebihan
Anda melakukan PCR menggunakan DNA genom sebagai template, tetapi hasilnya menunjukkan banyak smear pada gel elektroforesis. Apa langkah perbaikan yang paling tepat?
Menurunkan konsentrasi primer
Meningkatkan konsentrasi buffer MgCl₂
Mengurangi jumlah template DNA
Meningkatkan jumlah dNTP
Memperpanjang waktu elongasi
Dalam RT-PCR, produk cDNA tidak terbentuk meskipun RNA total telah berhasil diisolasi. Apa penyebab paling mungkin?
Primer tidak cocok dengan RNA
Konsentrasi buffer terlalu rendah
Reverse transcriptase tidak aktif
RNAse inhibitor digunakan berlebihan
RNA memiliki urutan GC yang tinggi
Dalam PCR multiplex, hanya sebagian target DNA yang berhasil diamplifikasi. Apa yang dapat dilakukan untuk mengatasi masalah ini?
Menggunakan primer universal untuk semua target
Meningkatkan konsentrasi semua primer
Menyeimbangkan konsentrasi primer untuk setiap target
Mengurangi waktu elongasi
Mengurangi jumlah siklus PCR
Seorang peneliti melakukan pemeriksaan PCR untuk mendeteksi DNA bakteri patogen dalam sampel air. Namun, hasil elektroforesis menunjukkan pita amplifikasi bahkan pada kontrol negatif (tanpa template DNA). Apa penyebab paling mungkin dan langkah yang dapat dilakukan untuk mengatasi masalah ini?
Primer tidak spesifik; gunakan primer baru.
Kontaminasi silang pada reagen PCR; ganti semua reagen dan gunakan area kerja steril.
DNA bakteri terdegradasi; ulangi isolasi DNA.
Konsentrasi dNTP terlalu tinggi; kurangi jumlah dNTP.
Suhu annealing terlalu rendah; naikkan suhu annealing.
Seorang dokter menerima hasil RT-PCR pasien dengan gejala COVID-19 yang menunjukkan negatif, mes
Seorang dokter menerima hasil RT-PCR pasien dengan gejala COVID-19 yang menunjukkan negatif, meskipun pasien memiliki gejala klinis yang kuat. Pemeriksaan dilakukan ulang, tetapi hasil tetap negatif. Apa penyebab yang mungkin dan langkah yang bisa dilakukan?
RNA terdegradasi selama isolasi; gunakan RNAse inhibitor.
Konsentrasi primer terlalu rendah; tingkatkan konsentrasi primer.
Kesalahan pada suhu elongasi; perbaiki siklus PCR.
RNA dari sampel pasien terlalu pekat; lakukan dilusi RNA sebelum reaksi.
Reverse transcriptase tidak aktif; ganti enzim.
Seorang peneliti melakukan multiplex PCR untuk mendeteksi beberapa gen resistensi antibiotik dalam DNA bakteri. Namun, hasil elektroforesis menunjukkan smear pada semua sampel, termasuk kontrol negatif. Apa penyebab yang paling mungkin dan solusi terbaik?
Konsentrasi dNTP terlalu rendah; tambahkan lebih banyak dNTP.
DNA template tidak murni; ulangi proses isolasi DNA.
Konsentrasi primer tidak seimbang; sesuaikan konsentrasi primer.
Siklus PCR terlalu banyak; kurangi jumlah siklus.
Suhu denaturasi terlalu rendah; tingkatkan suhu denaturasi.
Seorang mahasiswa melakukan PCR untuk mengamplifikasi gen target dari DNA plasmid, tetapi hasil elektroforesis tidak menunjukkan pita sama sekali, termasuk pada kontrol positif. Setelah diperiksa, semua reagen masih dalam kondisi baik. Apa yang mungkin salah dan bagaimana memperbaikinya?
Konsentrasi template terlalu rendah; tambahkan lebih banyak template.
DNA polimerase terdegradasi; gunakan enzim baru.
Primer tidak cocok dengan template; desain ulang primer.
Buffer PCR salah digunakan; ganti buffer yang sesuai.
dNTP terkontaminasi; gunakan batch dNTP baru.
Seorang peneliti menggunakan qPCR untuk menganalisis ekspresi gen pada sel yang diberi perlakuan obat. Namun, nilai Ct untuk sampel biologis yang sama menunjukkan variasi besar meskipun diulang beberapa kali. Apa penyebab yang mungkin dan bagaimana mengatasinya?
Primer mengalami dimerisasi; desain ulang primer.
Reagen master mix tidak homogen; pastikan pencampuran yang merata.
RNA template mengandung pengotor; ulangi isolasi RNA.
Kondisi termal siklus qPCR tidak stabil; gunakan alat qPCR yang berbeda.
dNTP digunakan berlebihan; kurangi jumlah dNTP.
