wayground logo

Free Printable Worksheets

Font size

S
M
L
XL
Worksheets

Ujian Akhir Praktikum Biokimia 2021

Total questions: 60

Worksheet time: 36mins

Name
Class
Date
1.

Blast dapat digunakan untuk.... (kecuali)

a)

Pencarian sekuens yang dibandingkan dengan nukleotida dalam database

b)

Identifikasi gen dan karakter genetik

c)

Membuat sttuktur sekunder dari sekuens protein

d)

Merekayasa genetik individu dari gabungan kedua sifat genetik

2.

Masuk dan menyebarnya penyakit SARS-Cov-2 ke dalam tubuh manusia dikarenakan...

a)

Menempelnya spike protein virus pada selaput alveolus paru-paru

b)

Pemotongan rRNA dari virus oleh 3CLproteinase

c)

Interaksi antara spike protein virus terhadap sel reseptor ACE2

d)

Kontak liur hewan dengan indera penciuman manusia

3.

Yang disebut dengan mutasi adalah...

a)

Makhluk hidup yang mengalami perubahan materi genetik

b)

Perubahan materi berupa DNA, gen atau kromosom pada makhluk hidup yang dapat terjadi secara alami atau buatan

c)

Peristiwa terjadinya perubahan materi non genetik

d)

Faktor penyebab perubahan materi genetik

4.

Saat melakukan blasting, pada program selection harus diset dalam keadaan "megablast" agar....

a)

Mendapatkan hasil blast kualitas tertinggi

b)

Mempercepat proses blasting sekuens

c)

Menambahkan sekuens lain selama blasting

d)

Mendapatkan FASTA terpendek

5.

Perhatikan gambar berikut!

Pita berwarna ungu menunjukkan...

a)

Kemiripan sekuens database dengan sample unknown 40-50

b)

Kemiripan sekuens database dengan sample unknown 50-80

c)

Kemiripan sekuens database dengan sample unknown 80-200

d)

Kemiripan sekuens database dengan sample unknown >200

6.

Satuan dari sekuens DNA dalam deskripsi database NCBI adalah (a)  

7.

Satuan dari sekuens protein dalam deskripsi database NCBI adalah (a)  

8.

Tujuan dilakukan sculpting adalah...

a)

mengondisikan struktur sesuai perubahan yang dilakukan

b)

mengondisikan struktur seperti semula

c)

membuat struktur lebih nyata

d)

tidak ada perubahan

9.

Tujuan dilakukan alignment struktur pada percobaan 5 adalah...

a)

Mengetahui kenampakan sebelum dan sesudah mutasi

b)

Mengetahui perubahan sekuens asam amino

c)

Mengetahui perubahan apa yang terjadi pada struktur

d)

Mengetahui perubahan sifat yang terjadi pada protein setelah mutasi

10.

Pada percobaan 5, digunakan struktur dalam format...

a)

FASTA

b)

PDB

c)

DSV

d)

pdbqt

11.

Pada percobaan 5, PyMol berfungsi sebagai berikut, kecuali...

a)

Visualisasi representasi struktur 3D

b)

Menghitung energi binding affinity

c)

Menstimulasi mutan protein secara delesi maupun subtitusi

d)

Menentukan jumlah alfa heliks, beta sheet, dan coil secara otomatis

12.

Dari hasil blastn DNA pada tugas komperehensif, diketahui bahwa DNA isolat berasal dari...

a)

Virus Mers

b)

Virus H5N1

c)

Coronavirus

d)

Virus H1N1

13.

Pembuatan pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan software/web server...

a)

Swiss Model

b)

NCBI

c)

PyMol

d)

MegaX

14.

blastx pada tugas komperehensif digunakan untuk...

a)

Mendapatkan sekuens protein spesies yang diisolasi

b)

Mendapatkan struktur protein spesies yang diisolasi

c)

Mendapatkan sekuens nukleotida spesies yang diisolasi

d)

Mendapatkan morfologi spesies yang diisolasi

15.

Untuk memilih model yang sesuai dengan sekuens protein yang dimasukkan pada web server, maka dilihat pada nilai...

a)

Struktur yang paling kompleks

b)

Seq. identity

c)

Mol. probity score

d)

Ramachandran favoured

16.

Format struktur yang disimpan pada tugas komperehensif antara lain

a)

Cartoon

b)

Lines

c)

Surface

d)

Ball and Stick

17.

Hasil struktur protein yang dimodelkan pada tugas komperehensif memiliki ... segmen protein yang mana tiap segmen akan dimutasi

a)

2

b)

1

c)

3

d)

5

18.

Pada tugas komperehensif, dilakukan mutasi delesi sebanyak ... kali

a)

5

b)

6

c)

7

d)

8

19.

Pada tugas komperehensif, setelah didapatkan FASTA sekuens protein dari isolat maka dilanjutkan dengan langkah...

a)

FASTA sekuens protein isolat diblast menggunakan NCBI

b)

FASTA sekuens protein isolat dimutasi menggunakan PyMol

c)

FASTA sekuens protein isolat dimodelkan menggunakan SwissModel

d)

FASTA sekuens protein isolat dibuat pohon filogenetiknya menggunakan MegaX

20.

Similarity dianggap baik apabila nilai ... tinggi

a)

Per. Ident

b)

Gaps

c)

Alignment Score

d)

Mismatch

21.

Pada tugas komperehensif, hanya dilakukan mutasi berupa...

a)

Insersi

b)

Subtitusi

c)

Duplikasi

d)

Delesi

22.

Basa nitrogen dalam suatu nukleotida DNA terdiri atas....

a)

Adenin dan Guanine (Purin)

b)

Cytosin dan Urasil (Pirimidin)

c)

Cytosin dan Tymine (Pirimidin)

d)

Adenin dan Urasil (Purin)

23.

Nilai %GC content suatu sekuens nukleotida berhubungan dengan ikatan hidrogen antara basa guanin (G) terhadap cytosine (C). Sehingga....

a)

Semakin tinggi %GC content, semakin stabil struktur DNA nya

b)

Semakin rendah %GC content, struktur DNA nya menjadi kurang stabil

c)

Semakin tinggi %GC content, semakin cepat berinteraksi dengan nukleotida lain

d)

%GC content tidak ada hubungannya dengan kestabilan struktur DNA

24.

Selesai dilakukan blasting, didapatkan beberapa menu hasil seperti Descriptions, Graphic Summary, Alignment, dan Taxonomy. Untuk mengetahui penyejajaran tiap basa nitrogen dari DNA, dapat memilih menu....

a)

Descriptions

b)

Graphic Summary

c)

Taxonomy

d)

Alignment

25.

Pada struktur protein 1RPI, terdapat residu berupa ... yang digambarkan dengan 000

a)

Asam amino

b)

Lipid

c)

Monosakarida

d)

Air

26.

Mismatching adalah...

a)

sekuens yang tidak terkodekan

b)

sekuens yang mengalami mutasi

c)

sekuens yang tidak berpasangan (tersejajarkan/align)

d)

sekuens yang berpasangan dengan 2 nukleotida

27.

Residu pada struktur protein dapat dihilangkan dengan melakukan ...

a)

Blok seluruh sekuens -> klik kanan -> remove

b)

Blok seluruh residu -> klik kanan -> remove

c)

Blok seluruh residu -> pilih Menu Build -> pilih remove

d)

Blok seluruh sekuens -> pilih Menu Build -> pilih remove

28.

Polimer asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida, mengandung unsur C, H, O, dan N adalah...

a)

Karbohidrat

b)

Lemak

c)

Protein

d)

Enzim

29.

Organel pada sel manusia yang berfungsi untuk mentranslasikan mRNA menjadi protein adalah..

a)

Badan Golgi

b)

Membran sel

c)

Ribosom

d)

Inti sel

30.

Untuk meramalkan sekuens protein indivisu dari sekuens DNA unknown, dapat menggunakan opsi BLAST...

a)

blastn

b)

blastx

c)

tblastn

d)

blastp

31.

Setelah dilakukan delesi, maka atom - atom yang dihubungkan kembali adalah...

a)

ujung C dengan ujung C asam amino lainnya

b)

ujung N dengan ujung C dari asam amino yang sama

c)

ujung N dengan ujung C dari asam amino baru/tambahan

d)

ujung N dengan ujung C dari asam amino yang berbeda

32.

Pada percobaan 5, beberapa web server atau software yang digunakan antara lain...

a)

PyMol

b)

NCBI

c)

RCSB PDB

d)

MegaX

33.

Homologi adalah...

a)

Membandingkan sekuens 1 terhadap sekuens lainnya yang memiliki kemiripan

b)

Menguji hubungan kekerabatan melalui sekuens peptida

c)

Meramalkan banyaknya keturunan suatu spesies tertentu

d)

Metode konversi sekuens yang homogen

34.

Berikut ini yang merupakan langkah pencarian untaian DNA 3CLpro melalui webserver NCBI :

1) Membuka webserver NCBI, www.ncbi.nlm.nih.gov

2) Memilih opsi Refseq transcripts

3) Memilih opsi RefSeqGene

4) Menuliskan keyword "3CLproteinase" pada kolom pencarian

5) Setting pencarian menjadi "Proteins"

a)

1), 3), dan 5)

b)

2), 3), dan 5)

c)

1), 2), dan 3)

d)

1), 3), dan 4)

e)

2), 4), dan 5)

35.

Pada percobaan 5, dilakukan mutasi jenis...

a)

Delesi

b)

Insersi

c)

Duplikasi

d)

Subtitusi

36.

Monomer dari protein adalah...

a)

Asam amino

b)

Gula pentosa

c)

asam lemak

d)

peptida

37.

Database yang tertampil dari hasil blasting sekuens asam amino/DNA sampel dikatakan memiliki kecocokan tinggi jika....

a)

Percentase identificatiti 100% (bernilai tinggi)

b)

Gaps 100%

c)

Query Cover 100%

d)

Mismacthing kecil

38.

Pendekatan untuk mempelajari dan mahami keanekaragaman makhluk hidup melalui rekonstruksi hubungan kekerabatan antarindividu dikenal dengan....

a)

Pohon Filogenetik

b)

Klasifikasi kingdom

c)

Penamaan ilmiah

d)

Metode identifikasi makhluk hidup

39.

Dalam webserver NCBI, pohon filogenetik dari sekuens unknown terhadap sekuens yang mirip, dapat dilihat pada menu...

a)

Alignment

b)

Description

c)

Taxonomy

d)

Graphic Summary

40.

Dalam pohon filogenetik, yang menggambarkan jarak evolusi kekerabatan antara keturunan dengan induknya dapat dilihat melalui....

a)

Panjang garis penghubung

b)

Simbol dan warna dari tiap spesies/individu

c)

Legenda

d)

Titik-titik yang saling terhubung

41.

Maksud dari taksa monophyletic adalah….

a)

anggotanya diturunkan dari dua atau lebih bentuk nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya

b)

genus nya merupakan yang paling tertinggi dari spesies yang lainnya

c)

nenek moyang tunggalnya menghasilkan semua spesies turunan yang berasal  dari  takson  tersebut,  bukan spesies pada takson lain

d)

takson  itu  tidak meliputi spesies  yang  memiliki nenek moyang  yang  sama  yang menurunkan  spesies  yang  termasuk dalam takson tersebut

42.

Makna dari polyphyletic adalah….

a)

takson  itu  tidak meliputi spesies  yang  memiliki nenek moyang  yang  sama  yang menurunkan  spesies  yang  termasuk dalam takson tersebut

b)

nenek moyang tunggalnya menghasilkan semua spesies turunan yang berasal  dari  takson  tersebut,  bukan spesies pada takson lain

c)

genus nya merupakan yang paling tertinggi dari spesies yang lainnya

d)

anggotanya diturunkan dari dua atau lebih bentuk nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya

43.

Taksa paraphyletic adalah….

a)

takson  itu  tidak meliputi spesies  yang  memiliki nenek moyang  yang  sama  yang menurunkan  spesies  yang  termasuk dalam takson tersebut

b)

nenek moyang tunggalnya menghasilkan semua spesies turunan yang berasal  dari  takson  tersebut,  bukan spesies pada takson lain

c)

anggotanya diturunkan dari dua atau lebih bentuk nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya

d)

genus nya merupakan yang paling tertinggi dari spesies yang lainnya

44.

Filogenetik merupakan bidang yang mempelajari tentang?

a)

Analisis bioinformatika

b)

Analisis mikrobiologi

c)

Analisis biomarka

d)

Analisis biokimia

45.

Masing-masing mikroorganisme memiliki karakter genetik. Pada umumnya karakter genetik bersifat?

a)

Cukup stabil

b)

Berubah-ubah

c)

Tidak dapat dianalisis

d)

Tidak mudah mengalami perubahan

46.

Material genetik mampu mengalami perubahan dimana proses yang dilakukan yaitu?

a)

Mutasi

b)

Penggabungan

c)

Inversi

d)

Invasi

47.

Sistem Filogenetik merupakan pengelompokan organisme berdasarkan pada?

a)

kesamaan warisan evolusi

b)

Evolusi bertahap

c)

penggabungan warisan evolusi

d)

ketidaksamaan warisan evolusi

48.

Tujuan dari proses pensejajaran mikroorganisme adalah?

a)

Mencocokkan karakter genus dengan kingdom yang sama

b)

Mencocokkan karakter yang mempunyai nenek moyang sama

c)

Mencocokkan karakter genus beda kingdom

d)

Mencocokkan karakter yang mempunyai perbedaan ancestor

49.

Pada percobaan pembuatan pohon filogenetik, Fasta organisme yang digunakan adalah….

a)

SARS-CoV-2 varian wuhan, SARS-CoV-2 Delta, SARS-CoV-2 England Varian, MERS, H1N1 dan H5N1

b)

SARS-CoV-2 varian wuhan, SARS-CoV-2 Delta, SARS-CoV-2 England Varian, MERS

c)

SARS-CoV-2 varian wuhan, SARS-CoV-2 Delta, chytochrome, MERS, H1N1 dan H5N1

d)

SARS-CoV-2 varian wuhan, SARS-CoV-2 Delta, SARS-CoV-2 England Varian, pox, dan MERS

50.

è Nilai yang ditunjukkan pada pohon filogenetik menandakan?

a)

Perbedaan pohon filogenetik dalam jumlah pengulangan

b)

Kemiripan pohon filogenetik dalam jumlah pengulangan

c)

Kemiripan pohon filogenetik dalam pengulangan yang berbeda

d)

Perbedaan pohon filogenetik dalam pengulangan yang berbeda

51.

Struktur tersier protein terdiri dari?

a)

alfa-helix, beta-sheet, dan coils

b)

alfa-helix, dan beta-sheet

c)

alfa-helix, dan coils

d)

beta-sheet, dan coils

52.

Bentuk struktur alfa-helix pada visualisasi cartoon adalah…

a)

Spiral melingkar-lingkar

b)

Untaian tunggal panjang

c)

Lembaran-lembaran pipih

d)

Gumpalan-gumpalan

53.

Bentuk struktur beta-sheet pada visualisasi cartoon adalah…

a)

Spiral melingkar-lingkar

b)

Untaian tunggal panjang

c)

Lembaran-lembaran pipih

d)

Gumpalan-gumpalan

54.

Pada hasil Mol Probity Result, berapa nilai Ramachandran Favoured yang dapat dikatakan valid?

a)

> 90%

b)

≥ 80%

c)

≥ 90%

d)

> 80%

55.

Kuadran I Plot Ramachandran adalah daerah….

a)

additional allowed regions

b)

most favoured regions

c)

disallowed regions

d)

generously allowed regions

56.

Protein yang digunakan pada percobaan protein modelling adalah….

a)

ACE2

b)

H1N1

c)

H5N1

d)

3CLpro

57.

Struktur model 3D dapat diubah dalam beberapa bentuk seperti?

a)

Cartoon

b)

Lines

c)

Surface

d)

Ball+Stick

58.

Kuadran IV Plot Ramachandran adalah daerah….

a)

additional allowed regions

b)

most favoured regions

c)

disallowed regions

d)

generously allowed regions

59.

Protein model dianggap homolog karena memiliki similaritas….

a)

> 20%

b)

≤ 20%

c)

< 20%

d)

≥ 20%

60.

Metode komparatif  atau  homologi,  merupakan pendekatan  yang  paling akurat dalam memprediksi struktur 3D protein.  Metode tersebut didasarkan pada?

a)

dua protein yang bersifat homolog

b)

memiliki perbedaan struktur yang sifgnifikan

c)

dua protein yang berbeda

d)

memiliki kesamaan struktur satu sama lain

Similar Resources on Wayground

UTS FARMAKOGNOSI 2021

55 questions

UTS FARMAKOGNOSI 2021

quiz

Worksheet

•

University

hoa sinh 5-6

57 questions

hoa sinh 5-6

quiz

Worksheet

•

University - Professi...

Intro to EPE (ID)

60 questions

Intro to EPE (ID)

quiz

Worksheet

•

University

LATIHAN ASAS IPA GANJIL

65 questions

LATIHAN ASAS IPA GANJIL

quiz

Worksheet

•

7th Grade - University

BIOL 2010 Exam 2 Review

60 questions

BIOL 2010 Exam 2 Review

quiz

Worksheet

•

University

Cells Review for GMAS

63 questions

Cells Review for GMAS

quiz

Worksheet

•

7th Grade - University

Science Quiz 2024-25

55 questions

Science Quiz 2024-25

quiz

Worksheet

•

8th Grade - University

SOAL SELEKSI KSMO MAPEL IPA TINGKAT MIMABA

60 questions

SOAL SELEKSI KSMO MAPEL IPA TINGKAT MIMABA

quiz

Worksheet

•

10th Grade - University