WorksheetsZáklady bioinformatiky: velké opakování
Total questions: 61
Worksheet time: 31mins
Testovací otázka
Správná odpověď
Špatná odpověď
Špatná odpověď
Špatná odpověď
Co je charakteristickým znakem eukaryotických chromozomů?
Cirkulární molekula
Jednovláknová DNA
Lineární molekula
Nemají homology
Jaký proces vede ke vzniku haploidních buněk z diploidních buněk?
Mitóza
Karyotypizace
Meióza
Rekombinace
Který typ struktury DNA převládá v biologických systémech?
A-DNA
Z-DNA
B-DNA
G-DNA
Jaká je hlavní úloha mitochondrií v buněčném metabolismu?
Produkce energie
Syntéza bílkovin
Ukládání genetického materiálu
Regulace buněčného dělení
Který termín popisuje kondenzovanou formu chromatinu?
Euchromatin
Heterochromatin
Nukleozom
Chromozom
Jaký základní proces popisuje hlavní dogma molekulární biologie?
Tok genetické informace:
DNA → RNA → protein
Přenos genetické informace:
DNA → protein → RNA
Syntéza genetického materiálu:
RNA → DNA → protein
Replikace genetické informace:
DNA → DNA → DNA
Co je na obrázku?
Nukleotid
Nukleosid
Nukleosom
Který z následujících enzymů je zodpovědný za degradaci molekul DNA přerušením fosfodiesterových vazeb?
DNA polymeráza
Ligáza
Nukleáza
Restrikční endonukleáza
Jaká je hlavní funkce vektorů při klonování DNA?
Syntéza nových polynukleotidů
Degradace molekul DNA
Přenos specifických genů do cílových buněk
Spojování molekul DNA dohromady
Který z následujících vektorů je schopen nést největší vloženou DNA?
Plazmid
Kosmid
Bakteriální umělý chromozom (BAC)
Umělý chromozom kvasinek (YAC)
PCR je technika používaná především k:
Syntéza nových polynukleotidů
Degradaci molekul DNA
Amplifikaci krátkých fragmentů DNA
Spojování molekul DNA dohromady
Specifický produkt PCR se hromadí exponenciálně 2n, kde n je počet cyklů. Jaká je rychlost produkce nespecifického produktu?
Lineární (n)
Exponenciální se základem 2 (2n)
Exponenciální se základem 10 (10n)
Nulová (0)
Který typ mapy zobrazuje uspořádání markerů na základě jejich společné frekvence dědičnosti?
Cytogenetická mapa
Genetická mapa
Fyzická mapa
Telomerická mapa
Jaká jednotka se používá k měření vzdáleností mezi markery na genetických mapách?
Páry bazí (bp)
Centimorgany (cM)
Kilopáry bazí (kbp)
Megapáry bazí (Mbp)
Která z následujících možností NENÍ typem markeru DNA?
polymorfismus délky restrikčních fragmentů (RFLP)
jednoduché sekvenční délkové polymorfismy (SSLP)
Messenger RNA (mRNA)
jednonukleotidové polymorfismy (SNP)
Jaká je hlavní výhoda jednonukleotidových polymorfismů (SNP) oproti polymorfismům délky restrikčních fragmentů (RFLP)?
Početnost
Komplexnost
Vzor dědičnosti
Rychlost mutací
Která technika NENÍ považována za metodu fyzického mapování?
Restrikční mapování
Analýza genetických vazeb (genetic linkage)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH)
Mapování sekvenčně značených míst (STS)
Jaká je hlavní funkce ligáz v technologii rekombinantní DNA?
Rozkládají molekuly DNA
Syntetizují nové polynukleotidy
Spojovat molekuly DNA
Upravují konce molekul DNA
Která technika fyzikálního mapování zahrnuje značení sekvencí DNA fluorescenčními sondami a jejich vizualizaci pod mikroskopem?
Restrikční mapování
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH)
Mapování sekvenčně označených míst (STS)
Sekvenování celého genomu
Který typ molekuly DNA slouží jako vektor pro vnesení specifických genů do cílových buněk?
Plazmid
mRNA
tRNA
Ribozom
Která z následujících vlastností je charakteristická pro plazmidy používané jako vektory při klonování DNA?
Jsou to lineární molekuly DNA
Replikují se nezávisle na chromozomální DNA
Vyskytují se výhradně v eukaryotických buňkách
Obsahují geny pro syntézu proteinů
Jaké je přibližné procento lidského genomu, které kóduje proteiny?
50-60%
25-30%
10-15%
1.1-1.4%
Co bylo hlavním cílem projektu lidského genomu?
Vyvinout nové techniky editace genů
Určit sekvenci haploidního lidského genomu
Patentovat identifikované geny pro komerční využití
Vytvořit databáze pro genetický výzkum
Jaký je hlavní problém spojený s celogenomovým sekvenováním?
Vysoká cena
Nízké pokrytí genomu
Krátká životnost sekvenátorů
Repetitivní sekvence
Která metoda se primárně používá k řešení kontaminace bakteriálními vektory při sestavování genomu?
PHRED base calling
sestavení sekvence PHRAP
Filtrační programy
sekvenování s využitím sekvenátorů (Shotgun sequencing)
Jaký je přibližný počet SNP (jednonukleotidových polymorfismů) v lidském genomu?
1,000
100,000
1 milion
100 milionů
Která strategie sekvenování genomu byla přijata v rámci projektu Human Genome Project (HGP)?
Sekvenování "shotgun"
Hierarchické sekvenování genomu (HGS)
Shotgun celého genomu (WGS)
Sestavení de novo
Která generace sekvenátorů zavedla koncept vysoce výkonného sekvenování (high-throughput sequencing) nové generace (NGS)?
1. generace
2. generace
3. generace
4. generace
Jaké je hlavní omezení sekvencerů 2. generace ve srovnání se sekvencery 3. generace?
Vyšší chybovost
Nižší propustnost
Kratší délka čtení
Není potřeba amplifikace použitím PCR
Která technologie využívá sekvenování jednotlivých molekul bez amplifikace PCR?
SMRT od PacBio
Sangerovo sekvenování
Pyrosekvenování
Sekvenování Illumina
Jaká je hlavní výhoda technologie sekvenování Oxford Nanopore?
Větší délka čtení
Nižší chybovost
Kratší délka čtení
Vyšší propustnost
Který zákon popisuje trend snižování nákladů spojených se sekvenováním DNA v čase?
Mendelův zákon dědičnosti
Hardyho-Weinbergova rovnováha
Moorův zákon
Centrální dogma molekulární biologie
Jaký je hlavní rozdíl mezi párovým zarovnáním a vícenásobným zarovnáním sekvencí?
Při párovém zarovnání se zarovnávají pouze dvě sekvence, zatímco při vícenásobném zarovnání více než dvě sekvence.
Párové zarovnání se používá pro sekvence DNA, zatímco vícenásobné zarovnání sekvencí se používá pro sekvence proteinů.
Zarovnání více sekvencí je přesnější než párové zarovnání.
Zarovnání dvojic je rychlejší než zarovnání vícenásobných sekvencí.
Jaký význam má evoluční konzervace v analýze sekvencí?
Ukazuje na přítomnost transponovatelných elementů
Naznačuje funkční význam určitých genomových oblastí
Usnadňuje PCR amplifikaci cílových genů
Koreluje s vyšší mírou mutací
Co je na obrázku?
Cambridge Nanopore
Oxford Nanopore
Ukončení řetězce vložením ddNTP
Jaký termín popisuje dvě sekvence, které pocházejí ze společné sekvence předků?
Analog
Homolog
Ortholog
Paralog
Jaký je hlavní rozdíl mezi ortology a paralogy?
Ortologové se vyskytují u stejného druhu, zatímco paralogové u různých druhů
Ortologové mají různé funkce, zatímco paralogové mají stejné funkce
Ortologové vznikají v důsledku genových speciací, zatímco paralogové vznikají v důsledku duplikací
Ortologové jsou evolučně konzervovanější než paralogové
Jak se nazývá postup porovnávání sekvencí za účelem zjištění vzorců zachování a variability?
Syntéza sekvencí
Evoluční analýza
Zarovnání sekvencí
Genetické profilování
Jaké faktory se podílejí na výsledku zarovnání sekvencí DNA?
Substituční matice
Penalizace za mezeru
Penalizace za délku mezery
Všechny uvedené
Jak se používají substituční matice při bodování zarovnání proteinů?
K penalizaci neshod mezi sekvencemi
K přidělování skóre na základě fyzikálně-chemických vlastností aminokyselin
K určení pravděpodobnosti bodových mutací
Vše z uvedeného
Proč je často informativnější porovnávat sekvence proteinů než sekvence DNA?
Proteinové sekvence jsou kratší a snáze se zarovnávají
Mnoho změn v DNA nemění specifikované aminokyseliny
Proteinové sekvence jsou evolučně konzervovanější
Vše z uvedeného
Jak ovlivní zarovnání sekvencí nastavení vysoké sankce za mezeru?
Podporuje vkládání více a větších mezer
Odrazuje od vkládání mezer, což vede k celkově menšímu počtu mezer
Nemá žádný vliv na vkládání mezer
Vede ke kombinaci malých a velkých mezer
Co znamená zkratka PAM v kontextu substitučních matic?
Percent Accepted Mutations
Protein Alignment Method
Pairwise Alignment Matrix
Phylogenetic Annotation Model
Co platí pro matici PAM40 ve srovnání s PAM120?
Modeluje evolučně vzdálenější sekvence
Vhodná pro zarovnání sekvencí s vyšší podobností
Obsahuje více akceptovaných mutací
Používá se pro zarovnání celých genomů
Co je na obrázku?
Kladogram
Fylogram
Jaký je hlavní účel zarovnání sekvencí v bioinformatice?
Určit délku sekvence
Najít podobnosti a evoluční vztahy mezi sekvencemi
Převést DNA na protein
Vypočítat molekulovou hmotnost sekvence
Který algoritmus se používá pro globální zarovnání sekvencí?
BLAST
Smith-Waterman
Needleman-Wunch
FASTA
Která matice se běžně používá pro hodnocení zarovnání proteinových sekvencí?
BLOSUM
PHRED
FASTQ
BWA
Který nástroj byste použili pro rychlé vyhledávání podobných sekvencí v databázi?
Needleman-Wunsch
Excel
BLAST
Clustal Omega
Jaký je hlavní účel genetického mapování?
Identifikovat geny a jejich umístění na chromozomech
Určit pořadí nukleotidů v DNA
Analyzovat proteinové struktury
Studovat evoluční vztahy mezi organismy
Která technika se používá k analýze exprese genů pomocí fluorescenčního značení?
Real-time PCR
Western blotting
In situ hybridizace
ELISA
Jaký je hlavní rozdíl mezi genomem a proteomem?
Genom je tvořen DNA, zatímco proteom je tvořen RNA
Genom se studuje pomocí sekvenování, zatímco proteom pomocí PCR
Genom zahrnuje všechny geny, zatímco proteom zahrnuje všechny proteiny
Genom je stabilní, zatímco proteom se mění v závislosti na podmínkách
Co je na obrázku?
Fylogenetický strom
Chromatogram ze Sangerova sekvenování
Dot plot zarovnání dvou sekvencí
QR kód
Co je na obrázku?
Výstup z Oxford Nanopore sekvenování
Chromatogram ze Sangerova sekvenování
Elektroforéza na agarózovém gelu
Výstup z Illumina sekvenování
Co je na obrázku?
VCF soubor
SAM soubor
FASTQ soubor
FASTA soubor
Co je na obrázku?
Poziční frekvenční matice
Sekvenční logo
Substituční matice
Konsenzuální sekvence
Který z následujících parametrů NENÍ důležitý při návrhu PCR primeru?
Obsah GC
Teplota tání (Tm)
Molekulová hmotnost primeru
Tvorba sekundárních struktur
Proč je nežádoucí, aby primer tvořil primer-dimery?
Zvyšuje to chybovost DNA polymerázy
Primery amplifikují samy sebe místo cílové sekvence
Snižuje to teplotu tání templátové DNA
Způsobuje to degradaci templátu
Kdy je vhodnější použít lokální zarovnání místo globálního?
Když jsou sekvence stejně dlouhé
Když hledáme konzervované domény v jinak nepodobných sekvencích
Když porovnáváme sekvence ze stejného druhu
Když porovnáváme sekvence ze stejného druhu
Co znamená E-value v kontextu výsledků BLAST?
Délka zarovnání
Procento identických pozic
Očekávaný počet náhodných hitů s podobným skóre v dané databázi
Evoluční vzdálenost mezi sekvencemi
