NEW
Font size
Worksheets10 PCR konvensional dan elektroforesis
Total questions: 75
Worksheet time: 38mins
Seorang analis laboratorium melakukan deteksi DNA bakteri penyebab penyakit menggunakan PCR konvensional. Setelah siklus PCR selesai, ia memutuskan untuk melakukan elektroforesis gel agarosa untuk mendeteksi produk amplifikasi. Mengapa langkah ini diperlukan?
Untuk mengukur jumlah DNA secara kuantitatif
Untuk memisahkan produk PCR berdasarkan ukuran
Untuk meningkatkan jumlah salinan DNA target
Untuk menentukan urutan basa DNA
Untuk menghentikan reaksi PCR secara permanen
Dalam sebuah pemeriksaan PCR konvensional, teknisi laboratorium menggunakan kontrol negatif berupa air bebas nuklease. Setelah elektroforesis, pita DNA terlihat juga pada kontrol negatif. Apa makna temuan ini?
PCR berjalan normal tanpa kontaminasi
Primer tidak berikatan dengan DNA target
Terjadi kontaminasi reagen atau lingkungan
Konsentrasi DNA terlalu rendah
Reaksi PCR tidak terjadi
Seorang mahasiswa TLM sedang melakukan PCR konvensional untuk mendeteksi gen TTS1 dari Burkholderia pseudomallei. Setelah elektroforesis, tidak ada pita DNA pada sampel maupun kontrol positif. Apa kemungkinan penyebabnya?
Terjadi kontaminasi silang
Terlalu banyak siklus PCR
Kerusakan enzim Taq polimerase
Konsentrasi DNA terlalu tinggi
Suhu annealing terlalu rendah
Dalam PCR konvensional, suhu annealing ditetapkan pada 55°C. Mengapa tahap ini penting?
Untuk membuka heliks ganda DNA
Untuk memanjangkan rantai DNA baru
Untuk memungkinkan primer menempel pada cetakan DNA
Untuk menghentikan reaksi PCR
Untuk memecah dNTP menjadi nukleotida
Saat menganalisis hasil PCR melalui elektroforesis, terlihat beberapa pita tambahan selain pita target. Apa interpretasi yang paling tepat?
Reaksi PCR gagal total
Terjadi amplifikasi nonspesifik
Konsentrasi DNA terlalu rendah
Produk PCR tidak mengandung target
Gel agarosa terlalu encer
Seorang analis menyiapkan gel agarosa 1% untuk elektroforesis. Mengapa konsentrasi agarosa perlu disesuaikan dengan ukuran fragmen DNA?
Untuk mencegah degradasi DNA
Untuk mempercepat reaksi PCR
Untuk memaksimalkan pemisahan berdasarkan ukuran
Untuk meningkatkan sensitivitas primer
Untuk menonaktifkan enzim polimerase
Dalam PCR konvensional, tahap ekstensi dilakukan pada suhu 72°C. Fungsi utama tahap ini adalah:
Memecah heliks ganda DNA
Menempelkan primer ke cetakan
Sintesis rantai DNA baru oleh polimerase
Menghentikan aktivitas enzim
Mengurangi kontaminasi
Seorang mahasiswa menggunakan DNA ladder dalam elektroforesis hasil PCR. Apa fungsi utama DNA ladder tersebut?
Menyediakan kontrol negatif
Mengukur panjang fragmen DNA hasil PCR
Menyediakan enzim polimerase
Mengikat primer spesifik
Meningkatkan jumlah pita
Sebuah hasil elektroforesis menunjukkan pita DNA pada 548 bp sesuai target gen. Apa kesimpulan dari hasil ini?
Reaksi PCR gagal
Produk PCR mengandung target gen
Terjadi kontaminasi silang
Konsentrasi DNA terlalu rendah
Primer tidak spesifik
Fungsi utama kontrol internal dalam PCR konvensional adalah:
Menentukan suhu optimal
Memastikan tidak ada kontaminasi
Memeriksa adanya inhibitor dalam sampel
Menentukan konsentrasi DNA
Memastikan enzim polimerase aktif
Setelah elektroforesis, pita DNA tidak terlihat pada sampel tetapi muncul pada kontrol positif. Apa interpretasi yang paling mungkin?
Reaksi PCR gagal total
Tidak ada DNA target dalam sampel
Terjadi kontaminasi silang
Primer tidak bekerja
Konsentrasi gel terlalu tinggi
Dalam elektroforesis, DNA bermigrasi menuju kutub positif. Apa alasan ilmiah di balik fenomena ini?
DNA bermuatan positif
DNA netral
DNA bermuatan negatif
DNA berikatan dengan anoda
DNA bereaksi dengan buffer
Seorang teknisi mendapati hasil elektroforesis menunjukkan pita yang sangat lemah. Apa langkah pertama yang sebaiknya dilakukan untuk mengatasi masalah ini?
Menurunkan suhu annealing
Meningkatkan jumlah siklus PCR
Mengurangi volume DNA
Mengganti buffer elektroforesis
Menurunkan tegangan
Dalam PCR konvensional, mengapa penting memisahkan area kerja pra-PCR dan pasca-PCR?
Untuk menghemat reagen
Untuk menghindari degradasi DNA
Untuk mencegah kontaminasi silang
Untuk mengoptimalkan suhu
Untuk mengurangi waktu siklus
Seorang mahasiswa lupa menambahkan primer dalam reaksi PCR. Apa hasil yang akan tampak setelah elektroforesis?
Tidak ada pita DNA
Pita target muncul normal
Pita nonspefisik terlihat
Semua kontrol negatif positif
Pita DNA sangat kuat
Pada hasil elektroforesis, pita DNA terlihat lebih dekat ke sumur dibandingkan posisi seharusnya. Apa artinya?
Fragmen DNA sangat kecil
Fragmen DNA lebih besar dari target
Tegangan terlalu tinggi
DNA terlalu encer
Terjadi kontaminasi
Dalam PCR konvensional, mengapa Taq polimerase sering digunakan?
Karena sensitif terhadap suhu tinggi
Karena berasal dari virus
Karena stabil pada suhu tinggi
Karena dapat menghambat kontaminasi
Karena dapat mendeteksi basa nitrogen
Dalam elektroforesis, loading dye ditambahkan ke sampel sebelum dimasukkan ke sumur. Apa tujuan utamanya?
Mengamplifikasi DNA
Menghambat degradasi DNA
Memudahkan pemantauan migrasi
Menyediakan kontrol positif
Menentukan ukuran DNA
Seorang analis mendapati pita DNA sangat menyebar pada gel. Apa penyebab yang paling mungkin?
Konsentrasi gel terlalu tinggi
Tegangan terlalu rendah
Volume sampel terlalu besar
DNA terlalu kecil
Tidak menggunakan buffer
Dalam PCR konvensional, berapa jumlah siklus yang umum digunakan untuk mendapatkan hasil optimal?
5–10
10–15
30-40
50–60
>100
Saat menyiapkan elektroforesis, seorang teknisi lupa menambahkan buffer ke dalam gel box. Apa konsekuensinya?
DNA tidak akan bermigrasi
DNA akan bermigrasi lebih cepat
Fragmen DNA akan pecah
Pita DNA akan lebih jelas
Primer tidak akan bekerja
Dalam PCR konvensional, apa fungsi utama primer?
Menyediakan energi untuk reaksi
Menentukan titik awal sintesis DNA
Memecah heliks ganda DNA
Meningkatkan kecepatan migrasi DNA
Menonaktifkan enzim polimerase
Seorang mahasiswa ingin meningkatkan resolusi pemisahan fragmen kecil pada elektroforesis. Apa langkah yang tepat?
Menggunakan konsentrasi agarosa yang lebih tinggi
Meningkatkan tegangan
Mengurangi waktu migrasi
Menggunakan buffer hipertonik
Menambahkan lebih banyak DNA
Mengapa penting menggunakan DNA template berkualitas tinggi dalam PCR konvensional?
Untuk mempercepat waktu siklus
Untuk mengurangi suhu annealing
Untuk memastikan efisiensi dan spesifisitas amplifikasi
Untuk menurunkan tegangan elektroforesis
Untuk menghasilkan pita DNA yang menyebar
Dalam interpretasi hasil elektroforesis, pita DNA pada kontrol negatif menunjukkan hasil positif. Apa tindakan yang sebaiknya dilakukan?
Laporkan hasil apa adanya
Ulangi PCR dengan reagen baru
Naikkan suhu annealing
Tambahkan lebih banyak primer
Gunakan DNA ladder baru
Seorang analis melakukan PCR konvensional untuk mendeteksi gen patogen, namun setelah elektroforesis, hasil menunjukkan tidak ada pita pada sampel, sedangkan kontrol positif menunjukkan pita sesuai target. Apa interpretasi yang paling mungkin?
Terjadi kontaminasi reagen
DNA target tidak ada dalam sampel
Enzim Taq tidak aktif
Primer rusak
Suhu annealing terlalu rendah
Dalam elektroforesis gel agarosa, mengapa penting menjaga pH buffer tetap stabil?
Untuk menjaga muatan negatif DNA
Untuk meningkatkan kecepatan migrasi
Untuk memecah DNA menjadi fragmen kecil
Untuk mengurangi risiko kontaminasi
Untuk menghentikan amplifikasi PCR
Seorang mahasiswa menambahkan terlalu banyak DNA ke dalam sumur gel. Hasil elektroforesis menunjukkan pita yang tidak jelas. Apa penyebab utama fenomena ini?
DNA terlalu kecil
DNA tidak bermigrasi
Pita menjadi menyebar karena kelebihan DNA
Konsentrasi agarosa terlalu tinggi
Buffer tidak cukup
Dalam tahap denaturasi PCR, suhu tinggi digunakan untuk:
Mengaktifkan Taq polimerase
Mengikat primer ke cetakan
Memisahkan untai ganda DNA
Memanjangkan rantai DNA
Mengendapkan enzim polimerase
Mengapa penting menggunakan pipet dan alat khusus di area pra-PCR?
Untuk mempercepat reaksi
Untuk menghemat reagen
Untuk menghindari kontaminasi DNA target
Untuk meningkatkan resolusi elektroforesis
Seorang analis ingin memisahkan fragmen DNA besar (>2 kb). Apa modifikasi pada elektroforesis yang paling tepat?
Menggunakan gel agarosa 3%
Menggunakan gel agarosa 0,7%
Meningkatkan tegangan hingga 200 V
Mengurangi waktu migrasi
Setelah PCR konvensional, hasil elektroforesis menunjukkan beberapa pita DNA yang tidak diharapkan. Apa langkah pertama yang sebaiknya dilakukan untuk meningkatkan spesifisitas reaksi?
Menurunkan suhu annealing
Mengurangi jumlah siklus
Meningkatkan suhu annealing
Mengurangi konsentrasi buffer
Dalam elektroforesis, mengapa DNA ladder ditempatkan di setiap gel?
Untuk memperkuat sinyal UV
Untuk memastikan gel terpolimerisasi sempurna
Untuk mengidentifikasi ukuran fragmen DNA
Untuk meningkatkan kecepatan migrasi
Seorang teknisi laboratorium mendapati hasil PCR menunjukkan pita pada kontrol negatif dan positif. Apa tindakan yang paling tepat?
Laporkan hasil sebagai positif
Ulangi PCR dengan reagen baru
Tambahkan lebih banyak template
Naikkan tegangan elektroforesis
Jika suhu annealing terlalu rendah, apa yang kemungkinan besar akan terjadi pada hasil PCR?
Tidak ada amplifikasi sama sekali
Amplifikasi spesifik meningkat
Terjadi amplifikasi nonspesifik
Pita DNA menjadi lebih tebal
Mengapa penting melakukan ekstensi akhir pada akhir siklus PCR?
Untuk mengikat primer ke cetakan
Untuk menyelesaikan sintesis DNA yang belum lengkap
Untuk memecah rantai DNA
Untuk menurunkan suhu reaksi
Setelah elektroforesis, pita DNA terlihat di bawah posisi yang diharapkan. Apa artinya?
Fragmen DNA lebih kecil dari target
Fragmen DNA lebih besar dari target
DNA terdegradasi
Konsentrasi gel terlalu tinggi
Mengapa ethidium bromide atau pewarna interkalasi lainnya digunakan dalam elektroforesis?
Untuk meningkatkan kecepatan migrasi DNA
Untuk memudahkan visualisasi DNA di bawah sinar UV
Untuk memisahkan fragmen DNA berdasarkan muatan
Untuk mengubah ukuran fragmen DNA
Dalam PCR konvensional, jumlah siklus terlalu banyak dapat menyebabkan:
Penurunan sensitivitas
Amplifikasi nonspesifik meningkat
Hilangnya pita target
Peningkatan kualitas pita
Seorang mahasiswa melakukan PCR tetapi lupa menambahkan dNTP. Apa yang akan terjadi?
Tidak ada amplifikasi DNA
Pita target tetap muncul
Primer tetap menempel
DNA akan terfragmentasi
Dalam elektroforesis, migrasi DNA dipengaruhi oleh:
Ukuran fragmen dan suhu inkubasi
Muatan listrik dan panjang fragmen DNA
Konsentrasi primer dan dNTP
Jenis enzim polimerase
Mengapa penting melakukan dokumentasi hasil elektroforesis?
Untuk menghentikan amplifikasi
Untuk memverifikasi ukuran dan keberhasilan amplifikasi
Untuk meningkatkan jumlah DNA
Untuk menentukan suhu optimal PCR
Dalam elektroforesis, jika gel dijalankan terlalu lama, apa yang mungkin terjadi pada pita DNA?
Tidak terbentuk
Bermigrasi keluar dari gel
Tetap di tempat asal
Meningkat ketajamannya
Mengapa PCR konvensional memiliki risiko kontaminasi lebih tinggi dibanding PCR real-time?
Karena tidak menggunakan enzim polimerase
Karena perlu membuka tabung untuk analisis pasca-PCR
Karena tidak memerlukan primer
Karena suhu annealing lebih rendah
Apa fungsi utama kontrol positif dalam PCR konvensional?
Untuk menunjukkan bahwa hasil negatif adalah valid
Untuk memverifikasi bahwa reagen dan kondisi reaksi bekerja
Untuk mencegah kontaminasi silang
Untuk menentukan ukuran DNA
Dalam elektroforesis, apa akibatnya jika tegangan terlalu tinggi digunakan?
DNA bermigrasi terlalu cepat dan pita menjadi kabur
DNA bermigrasi terlalu lambat
DNA tidak akan bermigrasi
DNA menjadi lebih besar
Seorang analis ingin mendeteksi DNA patogen menggunakan PCR konvensional, tetapi hasilnya menunjukkan pita pada semua sampel termasuk kontrol negatif. Apa kemungkinan penyebab utamanya?
Suhu ekstensi terlalu rendah
Terjadi kontaminasi silang
Jumlah siklus terlalu sedikit
Primer terlalu pendek
Mengapa PCR konvensional tidak cocok untuk kuantifikasi DNA?
Karena tidak menggunakan primer
Karena deteksi dilakukan setelah amplifikasi selesai
Karena tidak memerlukan enzim
Karena tidak menggunakan kontrol positif
Dalam elektroforesis, pita DNA yang sangat tebal dapat disebabkan oleh:
Terlalu sedikit DNA
Terlalu banyak DNA dimasukkan ke sumur
Konsentrasi gel terlalu rendah
Suhu terlalu rendah
Setelah PCR konvensional, pita DNA tidak terlihat pada kontrol positif dan negatif. Namun, ada pita pada DNA ladder. Apa langkah selanjutnya yang paling tepat?
Laporkan hasil sebagai negatif
Ulangi PCR karena kemungkinan ada kesalahan pada reaksi
Ganti primer dengan yang baru
Tambahkan lebih banyak DNA
Seorang teknisi melakukan PCR konvensional untuk mendeteksi gen spesifik bakteri. Setelah elektroforesis, terlihat pita DNA pada sampel, tetapi tidak ada pita pada kontrol positif maupun negatif. Apa interpretasi yang paling tepat?
Reaksi PCR berjalan normal
Terjadi kontaminasi
Kontrol positif gagal berfungsi
Primer terlalu spesifik
DNA target terlalu sedikit
Dalam PCR konvensional, mengapa penggunaan air bebas nuklease sebagai kontrol negatif sangat penting?
Untuk meningkatkan sensitivitas amplifikasi
Untuk memastikan reaksi tidak menghasilkan produk tanpa DNA template
Untuk memicu denaturasi DNA
Untuk mengoptimalkan suhu ekstensi
Untuk mempercepat migrasi DNA
Seorang mahasiswa menjalankan elektroforesis hasil PCR terlalu lama. Saat dianalisis, pita target tidak terlihat dalam gel. Apa kemungkinan yang terjadi?
Fragmen DNA tetap di sumur
Fragmen DNA keluar dari gel
DNA tidak terwarnai
Konsentrasi gel terlalu tinggi
Pita DNA menjadi lebih tajam
Dalam PCR konvensional, mengapa penting menggunakan jumlah siklus yang optimal (sekitar 30-35)?
Agar primer tidak terdegradasi
Untuk mencegah amplifikasi nonspesifik akibat terlalu banyak siklus
Untuk memastikan enzim tetap aktif
Untuk menghindari kontaminasi dari air
Untuk meningkatkan tegangan
Hasil elektroforesis menunjukkan pita DNA dengan ukuran lebih besar dari target. Apa penyebab yang paling mungkin?
Primer tidak bekerja
Amplifikasi nonspesifik menghasilkan fragmen lebih panjang
Template DNA terlalu sedikit
Konsentrasi dNTP terlalu rendah
Buffer terlalu encer
Dalam elektroforesis, jika gel agarosa terlalu pekat (misalnya >3%), apa akibatnya terhadap migrasi DNA?
Fragmen kecil akan bermigrasi lebih cepat
Fragmen besar akan sulit bermigrasi
Semua fragmen bermigrasi lebih cepat
DNA tidak akan terlihat
DNA akan keluar dari gel
Seorang mahasiswa tidak menambahkan loading dye ke sampel sebelum elektroforesis. Apa dampaknya?
DNA tetap terlihat jelas
DNA tidak akan bermigrasi
Sulit memantau migrasi dan sampel bisa keluar dari gel
DNA akan bermigrasi lebih cepat
Pita DNA menjadi lebih tajam
Mengapa suhu denaturasi dalam PCR konvensional biasanya sekitar 94–95°C?
Untuk memecah basa purin dan pirimidin
Untuk mengaktifkan enzim polimerase
Untuk memisahkan untai ganda DNA menjadi untai tunggal
Untuk menempelkan primer ke template
Untuk menghentikan amplifikasi
Setelah elektroforesis, terlihat pita DNA pada semua sampel termasuk kontrol negatif dan blank ekstraksi. Apa langkah selanjutnya?
Laporkan hasil sebagai positif
Ulangi seluruh proses PCR dari tahap ekstraksi
Tambahkan lebih banyak primer
Naikkan suhu denaturasi
Kurangi jumlah siklus
Mengapa penting menggunakan internal positive control (IPC) dalam PCR konvensional?
Untuk mempercepat proses elektroforesis
Untuk mendeteksi adanya inhibitor PCR
Untuk menurunkan suhu annealing
Untuk memecah DNA menjadi fragmen
Untuk meningkatkan ukuran produk PCR
Dalam elektroforesis, DNA yang lebih kecil bermigrasi lebih jauh karena:
Memiliki muatan lebih negatif
Lebih ringan dan lebih mudah melewati pori-pori gel
Terikat lebih kuat oleh pewarna
Lebih banyak primer yang menempel
Memiliki lebih sedikit basa purin
Seorang analis menggunakan tegangan tinggi saat menjalankan gel. Hasil menunjukkan pita yang tidak tajam. Apa penyebabnya?
DNA terlalu kecil
Tegangan tinggi menyebabkan migrasi terlalu cepat
Gel tidak mengandung buffer
Konsentrasi DNA terlalu rendah
Primer terlalu panjang
Dalam PCR konvensional, mengapa dNTP harus ditambahkan dalam jumlah cukup?
Untuk mempercepat denaturasi
Untuk menyediakan bahan dasar sintesis DNA baru
Untuk menempelkan primer ke template
Untuk menurunkan suhu ekstensi
Untuk menghentikan reaksi PCR
Seorang mahasiswa mencampur primer secara terbalik (forward dan reverse tertukar). Apa akibatnya?
PCR tetap berjalan normal
Amplifikasi DNA tidak terjadi
Hanya satu untai DNA yang diamplifikasi
Pita target akan lebih besar
Pita DNA akan menyebar
Apa fungsi utama buffer TAE atau TBE dalam elektroforesis?
Menjaga konduktivitas listrik dan pH agar DNA bermigrasi dengan benar
Mempercepat reaksi PCR
Mengaktifkan Taq polimerase
Mengubah ukuran DNA
Mencegah degradasi primer
Setelah PCR selesai, seorang analis segera membuka tabung reaksi di area pra-PCR. Apa risiko dari tindakan tersebut?
Menurunkan suhu annealing
Terjadi kontaminasi lingkungan
Meningkatkan efisiensi amplifikasi
Menurunkan kecepatan migrasi DNA
Menghambat enzim polimerase
Mengapa primer harus dirancang secara spesifik terhadap target DNA?
Untuk mempercepat elektroforesis
Untuk menghindari amplifikasi fragmen nonspesifik
Untuk menurunkan suhu ekstensi
Untuk meningkatkan jumlah siklus
Untuk mengurangi kebutuhan dNTP
Dalam elektroforesis, mengapa pita DNA lebih jelas terlihat setelah pencucian gel?
Karena pewarna berikatan lebih kuat
Karena buffer menjadi lebih pekat
Karena fragmen DNA terfragmentasi
Karena DNA bermigrasi lebih cepat
Karena primer terdegradasi
Jika tidak ada pita DNA pada sampel, kontrol positif, maupun kontrol negatif setelah elektroforesis, apa kemungkinan penyebabnya?
DNA terlalu banyak
Reaksi PCR gagal total
Primer terlalu sedikit
Buffer terlalu pekat
Tegangan terlalu rendah
Seorang analis menggunakan primer dengan suhu leleh (Tm) yang terlalu tinggi dibanding suhu annealing. Apa akibatnya?
Primer menempel terlalu kuat
Primer gagal menempel sehingga tidak ada amplifikasi
Produk PCR menjadi lebih panjang
Pita DNA lebih tebal
Ekstensi berjalan lebih cepat
Dalam elektroforesis, pita DNA yang berdekatan menunjukkan:
Fragmen DNA memiliki ukuran yang sangat berbeda
Fragmen DNA memiliki ukuran hampir sama
Terjadi degradasi DNA
Tidak ada amplifikasi
Kontrol negatif positif
Seorang teknisi menggunakan gel agarosa terlalu tipis. Apa dampaknya terhadap hasil elektroforesis?
Fragmen DNA terjebak di sumur
Fragmen DNA bermigrasi terlalu cepat dan keluar dari gel
Pita DNA akan lebih tajam
Pita DNA menjadi lebih tebal
DNA tidak akan terwarnai
Mengapa DNA ladder harus dipilih sesuai ukuran produk PCR?
Agar DNA ladder mempercepat reaksi PCR
Agar ukuran produk dapat ditentukan secara akurat
Agar DNA ladder berikatan dengan primer
Agar pita target lebih tebal
Agar kontrol negatif valid
Dalam PCR konvensional, penambahan magnesium ion (Mg2+) penting karena:
Membantu primer berikatan dengan template
Mengaktifkan enzim DNA polimerase
Memecah untai DNA
Meningkatkan kecepatan migrasi DNA
Menghambat kontaminasi
Seorang mahasiswa mencatat bahwa hasil PCR menunjukkan pita DNA yang lebih tebal dari biasanya. Apa kemungkinan penyebabnya?
Jumlah DNA template terlalu sedikit
Jumlah siklus PCR terlalu banyak
Suhu annealing terlalu tinggi
Primer tidak menempel
Gel agarosa terlalu encer
